渤海先进技术研究院实行理事会领导下的公司化运作。理事会是决策主体，由市政府主要领导任理事长。渤海先进技术研究院有限责任公司是运营主体，为公益类国有独资公司。渤海先进技术研究院为市属事业单位，与渤海先进技术研究院有限责任公司实行“对外两块牌子”。专家咨询委员会是咨询主体，按需设置，动态管理。先研院的运营机制：一是坚持“大科技”思维。聚合科技要素和资源，以产业为导向，把高端、专业的研发机构、研发服务机构等聚合在一起，开展关键核心技术、产业共性技术和“卡脖子”技术研究与应用，快速形成符合滨州产业需求的核心科技力量。二是坚持市场化导向。坚持政府引领、企业主导，紧紧围绕产业链来调动和布局科技资源，企业是科技活动的主角，先研院的定位是为企业提供服务，聚合资源，给企业补市场失灵或没有能力实现的事项的短板。三是坚持科技和金融的有机融合。先研院既连着技术，也连着企业，同时也连着资金，在成果转化、产业化等方面有天然的便利和优势。目前，有明确入驻意向的机构106家，其中研发机构19家、科技服务机构34家、商务服务机构53家。9月份建成投入运营。

渤海先进技术研究院是市委、市政府举全市之力打造的国际化科技创新服务平台，重点服务于全市“5+5”十强产业的科技研发。